1924年之前，圣保利足球俱乐部是“汉堡-圣保利体育俱乐部”（-圣保利1862）的足球部门（1862年5月1日，由1852年9月7日成立的MTV和1860年9月7日成立的St. Pauli und vor dem D的TV合并而成）。圣保利足球俱乐部于1910年5月15日正式成立，以圣保利体育俱乐部的名义参加大汉堡地区的联赛，直到1924年德国体育和足球俱乐部协会分离后才注册为独立俱乐部。俱乐部在汉堡地区一直处于中下水平，直到1934年进入当时德国16个最高联赛之一的北部地区联赛（）。 此后一直在顶级联赛和二级联赛之间徘徊，于1935年降级，1936年再次升级，1940年再次降级，1942年再次升级，直至第二次世界大战结束。

战后

二战结束后，球队于1947年恢复参加北方邦联赛（ Nord）。1947-1948赛季，圣保利获得联赛第二名，从而获得了参加全国冠军杯的资格。在半决赛中，他们以2：3败于冠军纽伦堡足球俱乐部。20世纪50年代上半期，球队表现不俗，但与汉堡体育俱乐部（SV）的比赛处于劣势。七年间，他们在联赛中五次夺得亚军，但在杯赛中却未能取得好成绩。20世纪50年代后半期和60年代初期，他们开始被不来梅、奥斯纳布吕克等对手超越，此后最多只能取得第四名。

争夺德甲冠军

1963年，西德成立了新的职业足球联赛——德国足球甲级联赛（中文又称德国足球甲级联赛），当年北方联赛的前三名球队汉堡、云达不莱梅、布劳恩进入德甲，圣保利只能进入第二级联赛——德国北部地区联赛（Nord）。

此后十余年风雨飘摇，1964年圣保利险些闯入甲级联赛，但未能在升级组中夺冠，1966年再度夺得北德地区联赛冠军汉堡足球俱乐部主场，但在升级赛中仍以2球之差败于红白埃森队。此后，圣保利在1972年和1973年夺得北德地区联赛冠军汉堡足球俱乐部主场，1971年和1974年获得亚军，但在升级赛中仍未如愿。

德甲联赛的成功和西德职业足球的发展促使1974年德乙联赛诞生。圣保利队当年进入德甲，并最终在1977年夺得冠军升入德甲。一年后又降回德乙。他们在德甲的停留也是短暂的。1979年，球队陷入破产，职业体育执照被吊销，被迫降入第三级联赛——北德。1981年和1983年，球队夺得上级联赛冠军，但还是因财政状况不佳而未能升级。直到1984年，球队才夺得上级联赛第二名，仅次于不来梅乙队。由于后者不被允许升级，圣保利最终重返德甲。

圣保利与宗教狂热现象

20 世纪 80 年代中期，圣保利开始从一家传统俱乐部转变为一家“文化”俱乐部。俱乐部从港口区迁至索道，这是汉堡著名的夜生活和红灯区。球迷文化倾向于左翼政治，并在俱乐部的比赛周围营造出一种煽情的氛围。支持者们采用了带有骷髅和两根交叉大腿骨的黑色海盗旗作为俱乐部的非官方标志。值得一提的是，圣保利是德国第一支正式禁止右翼和民族主义活动和展示的球队。当时，受法西斯主义启发的足球流氓正在威胁欧洲足球比赛。1981 年，该俱乐部平均每场比赛只有 1,600 名观众，但到了 20 世纪 90 年代末，每场比赛的 20,000 张门票都售罄。

80年代末到90年代汉堡足球俱乐部主场，圣保利就像坐过山车一样，在甲级和乙级之间反复起伏，其间1988年至1991年、1995年至1997年一直处于甲级联赛，球队最好成绩是1988-1989赛季德甲第10名。

2010-2011赛季德甲联赛第28轮第88分钟，圣保利球迷用啤酒瓶击打边裁脖子，比赛被迫提前结束。一周之后，德国足协对圣保利队作出重罚。北京时间2011年4月8日，德国足协在官方网站宣布，4月23日圣保利队将不允许任何球迷入场观看主场对阵不来梅的比赛。这是近40年来德国足协对主场球迷作出的最严厉处罚。在上周末进行的德甲联赛第28轮首场比赛中，沙尔克队凭借劳尔和德拉克斯勒的进球，以2比0占据绝对优势。不愉快的事件发生在第88分钟，一个装满啤酒的塑料啤酒瓶从看台上飞进场内，击中了边裁希夫纳的脖子。 主裁艾特金当即决定中止比赛。周中，德国足协发表声明称：“根据德国足协相关规定，本场比赛判为圣保利队0-2失利。比赛中的两粒进球有效。圣保利俱乐部必须对球迷以及比赛被中止的后果负责。”

2011年4月8日，德国足协在官方网站公布了对圣保利队的判罚决定：“德国足协已向体育仲裁法庭判处圣保利俱乐部一项处罚，任何球迷不得入场观看该俱乐部下一场德甲主场比赛，圣保利对阵云达不莱梅的比赛。”德国体育仲裁法庭主席洛伦茨表示：“俱乐部主场安保是否到位，关系到球员、裁判和观众的合法权益是否能得到必要的保障。判罚只是为了让各俱乐部引以为戒，并非唯一目的。外界不应该对判罚结果提出质疑。”圣保利俱乐部可以在4月11日前提出上诉。

据圣保利官方消息，俱乐部已决定上诉。圣保利高层一直认为，这场闹剧与俱乐部无关：“我们俱乐部没有人行为不当，俱乐部不应该为球迷的冲动行为承担直接责任。”而沙尔克此时更愿意扮演好人的角色。沙尔克体育经理海纳特表示：“我们赞成处罚，但仅限于较小的罚款，因为没有哪家俱乐部能百分百确定主场球迷不会闹事。”据悉，这笔罚款对于圣保利主场米勒门球场来说将造成至少100万欧元的损失，俱乐部甚至可能还要对购买季票的铁杆球迷做出适当的赔偿。

事后，圣保利上诉成功，对阵云达不莱梅的比赛允许球迷入场观赛，而下赛季的首个主场比赛也改为客场进行。

自新千年以来

圣保利队最后一次征战德甲是在2001-2002赛季。2002年2月6日，排名垫底的圣保利队在米勒门球场以2:1的惊人比分战胜了拜仁慕尼黑队。几乎注定要降级的圣保利队在T恤上印上了“世界俱乐部杯冠军”（GER）的字样，因为拜仁队在那个赛季获得了世界俱乐部杯冠军。这场比赛仅有尼科和萨尼奥尔进球。萨尼奥尔在第87分钟扳回一球。2001-2002赛季因降级而几乎破产，俱乐部不得不接受捐赠，即“拯救行动”（）。他们印上了俱乐部徽标和“救援”（“”）字样的T恤，6周内卖出了14万件。他们还组织了一场与慕尼黑足球俱乐部的友谊赛，以缓解经济危机。

该俱乐部还积极参与慈善活动。2005年，该俱乐部及其球迷发起了“圣保利水万岁”活动，为古巴学校筹集饮用水设备资金。

2005-2006赛季，身处北部地区联赛（第三级别联赛）的圣保利队在德国杯中取得了不可思议的胜利。他们在淘汰赛中先后击败了博格豪森、波鸿、柏林赫塔等职业球队，甚至在2006年1月25日的四分之一决赛中在雪地里3：1战胜了德甲亚军云达不莱梅。打进德国杯半决赛为俱乐部带来了约100万欧元的电视转播和赞助收入，大大缓解了俱乐部当时严峻的财政状况。最终，在半决赛中，圣保利队于4月12日在主场以0：3不敌拜仁慕尼黑，未能延续这一奇迹。

圣保利队在过去30年中13次更换联赛，并于10-11赛季参加德甲联赛。

俱乐部重要成就及事件

1947年：汉堡冠军

1948年：德国北部赛区亚军、英国占领区亚军，进入德国杯决赛（半决赛）

1949年：德国北方联赛亚军，进入德国杯决赛（四分之一决赛）

1950年：德国北方联赛亚军，进入德国杯决赛（四分之一决赛）

1951年：德国北方联赛亚军，进入德国杯决赛（小组赛）

1952 年：德国电视台首次现场直播比赛，德国杯 3-4 负于 07 年

1954年：德国北方亚军

1964年：德国北部地区联赛（乙级联赛）第一名

1966年：德国北部地区联赛（乙级联赛）第一名

1972年：德国北部地区联赛（乙级联赛）第一名

1973年：德国北部地区联赛（乙级联赛）第一名

1977年：德国足球乙级联赛冠军，升入德国足球甲级联赛

1981年：德国北方联赛（C）冠军，决赛0:2负于科隆后获德国业余队亚军

1983年：德国北方联赛（第三级联赛）第一名

1984年：德国北方联赛（第三级联赛）第二名，升入德甲联赛第二级联赛

1988年：德国足球乙级联赛第2名，第二次升入德国足球甲级联赛

1995年：德国足球乙级联赛第2名，第三次升入德国足球甲级联赛

1995年：德甲联赛首轮4-2击败慕尼黑1860队，暂时位居德甲积分榜榜首

2001年：德国足球乙级联赛第3名，第四次升入德国足球甲级联赛

2002年：德甲垫底的圣保利队主场2比1战胜拜仁慕尼黑队，荣获“世界俱乐部杯冠军”（德国）

2006年：作为第三级别球队，在德国杯中以4：3击败柏林赫塔、3：1击败云达不莱梅，但在半决赛中以0：3输给拜仁慕尼黑。

2011年2月16日：汉堡0：1圣保利，阿萨莫阿的进球结束了球队33年不胜对手的历史

俱乐部认可

根据欧足联的调查，圣保利队在德国拥有1100万名球迷，这从球队主客场球票的火爆销售中可见一斑：2003-2004赛季，作为第三级联赛球队的圣保利队，平均每场比赛上座率高达17374人，高于所有第二级联赛球队，售出的季票甚至比一些德甲球队还多。